Der Bau des Klosterkomplexes Santa Eufemia della Fonte begann im Jahr 1008, als der Bischof von Brescia Landolfo das Kloster gründete und in die Hände der Benediktinermönche gab. Der Überlieferung nach ließen sich die Benediktiner in diesem Gebiet nieder, um wichtige Bauwerke für die Kontrolle und Kanalisierung des Wassers zu errichten. Wie wichtig dieses Gebiet als Verkehrsachse war, zeigt auch die Nähe zum Naviglio-Kanal, der vom Fluss Chiese hinter Gavardo abzweigt, Santa Eufemia passiert und sich bis in das östliche Flachland erstreckt. Die Benediktiner machten sich diese Gewässer sowohl für den Bau von Waschhäusern und Mühlen als auch für ihre Landwirtschaft zunutze.

Das Kloster war zu Beginn des siebten Jahrhunderts ursprünglich San Paterio gewidmet, dem dreiundzwanzigsten Bischof von Brescia, wurde dann jedoch später Santa Eufemia gewidmet, einem jungen Christenmädchen, das während der diokletianischen Christenverfolgung im zarten Alter von fünfzehn Jahren einen Märtyrerinnentod starb. Im vierzehnten Jahrhundert begann der Niedergang, und im Jahr 1438, als Brescia nunmehr unter der Herrschaft der Republik Venedig stand, erhielt das Kloster seinen Gnadenstoß.

In den ersten drei Jahrhunderten seines Bestehens spielte das Kloster Santa Eufemia eine große Rolle für das Leben in Brescia, auch wenn es durch seine Lage fortwährend den Angriffen von Heeren ausgesetzt war, die Brescia erobern wollten.

Die Mönche entschlossen sich dazu, das Kloster aufzugeben und begannen 1444 mit dem Bau des neuen Standorts, der Kirche von St. Afra in Santa Eufemia. Hiermit war das Schicksal des Klosters besiegelt, und 1478 wurde das alte Konvent endgültig geschlossen. Die Existenz von Gebäuden, die zwischen 1478 und 1797 entstanden, lassen darauf schließen, dass die Umwandlung in einen Bauernhof von den Mönchen selbst betrieben wurde.

Obwohl die von den Mönchen verlassenen Gebäude weiterhin im Besitz der Bischofskurie verblieben, wurden sie bis 1797 als Lagerräume verwendet. Napoleon wies sie dann dem Nationalen Haupthospital von Brescia zu, welches sie in eine ländliche Siedlung umwandelte.

Vom Haupthospital ging das, was von dem bedeutenden Kloster übrig geblieben war, im Jahr 1979 auf die Gemeinde Brescia über, die den Gebäudekomplex 1997 dem Verein Museo della Milla Miglia zur Nutzung überließ.