La costruzione del complesso monastico di Santa Eufemia della Fonte prende avvio nel 1008, quando il vescovo di Brescia Landolfo fonda questo monastero affidandolo ai monaci benedettini. La storia racconta che i benedettini si instaurarono in questa zona per realizzare importanti azioni di controllo e canalizzazione delle acque. Quanto la zona fosse un’importante asse di comunicazione lo dimostra anche la vicinanza del Naviglio che, diramandosi dal fiume Chiese fino a Gavardo, lambisce Santa Eufemia per addentrarsi nella bassa orientale. I benedettini approfittarono di queste acque sia per costruire lavatoi e mulini che per l’utilizzo in agricoltura.

Il Monastero è inizialmente dedicato a San Paterio, ventitreesimo Vescovo di Brescia, agli inizi del settimo secolo, successivamente, viene però introdotta la dedizione a Santa Eufemia, una fanciulla cristiana di Calcedonia, morta martire a soli quindici anni, durante la persecuzione diocleziana. A partire dal trecento, inizia il periodo del declino: nel 1438, quando Brescia è ormai sotto il dominio della Serenissima, il convento si vedrà infliggere il colpo di grazia.

Nei primi tre secoli di vita la presenza di Santa Eufemia nella realtà bresciana è rilevante, anche se la posizione del complesso monastico lo espone continuamente agli attacchi degli eserciti che vogliono conquistare Brescia.

I monaci decidono di abbandonare il monastero e, nel 1444, inizia infatti la costruzione della nuova sede che diverrà la Chiesa di S. Afra in Santa Eufemia. Le sorti del Monastero non si riprenderanno più e nel 1478 il vecchio convento viene chiuso definitivamente. La presenza di corpi di fabbrica, posteriori al 1478 ed anteriori al 1797, fa ritenere che la conversione in cascina sia stata operata proprio dagli stessi monaci.

Pur rimanendo di proprietà della Curia Vescovile, gli edifici abbandonati dai monaci saranno utilizzati come magazzini fino al 1797, quando Napoleone li assegnerà all’Ospedale Maggiore Nazionale di Brescia che li trasformerà in insediamento rurale.

Dall’Ospedale Maggiore, quello che rimane dell’importante convento passa nel 1979 al Comune di Brescia che, nel 1997, lo concede in uso all’Associazione Museo della Mille Miglia.