Строительство монастырского комплекса Санта-Эуфемия-делла-Фонте началось в 1008 году, когда епископ Брешии Ландольфо заложил этот монастырь, передав его монахам бенедиктинцами. История рассказывает, что бенедиктинцы обосновались на этой территории для проведения важных мероприятий по контролю и строительству каналов для воды. Насколько важной осью сообщений была эта территория доказывает также и близость к каналу, который отходит от реки Кьезе и доходит до Гавардо, омывает Санта-Эуфемия и уходит вглубь восточных территорий. Бенедиктинцы воспользовались этими водами как для строительства мест для стирки и мельниц, так и для использования их в сельском хозяйстве.

Изначально монастырь был посвящен Святому Патерию, двадцать третьему епископу Брешии, жившему в начале VII века, позднее же было введено посвящение Святой Евфимии - христианской девушке из Халкедона, принявшей мученическую смерть всего лишь в пятнадцать лет, во время преследований христиан императором Диоклетианом. С XIV века начинается период заката. В 1438 году, когда Брешия находится под правлением Республики Серениссима, монастырю был нанесен смертельный удар.

В течение первых трех веков монастырь Святой Евфимии занимает значимое место в жизни Брешии, несмотря на то, что расположение комплекса подвергает его атакам войск, намеревающимся захватить Брешию.

Монахи решают покинуть монастырь и в 1444 начинается строительство нового здания, которое станет церковью Св. Афры в Санта-Эуфемия. Судьба монастыря была предопределена и в 1478 году этот старинный комплекс закрывается окончательно. Наличие зданий, построенных в период между 1478 годом и 1797, позволяет предположить, что превращение комплекса в ферму было осуществлено самими монахами.

Оставаясь в собственности епископской курии, покинутые монахами здания будут использоваться в качестве складов до 1797 года, когда Наполеон передаст их Большому национальному госпиталю Брешии, который превратит их в сельское отделение.

В 1979 году, то, что осталось от знаменитого монастыря, переходит от Большого госпиталя в собственность мэрии Брешии, которая в 1997 году передает его в пользование Ассоциации музея Милле Милья.